Delegados da Polícia Federal manifestaram maior conforto com a condução do ministro André Mendonça no inquérito do Banco Master, contrastando com as críticas anteriores às decisões do ministro Dias Toffoli. Segundo Edvandir Felix de Paiva, diretor da Associação Nacional dos Delegados de Polícia Federal (ADPF), Toffoli tomou medidas "atípicas" que prejudicaram as investigações, como ordenar acareações antes de depoimentos e a lacração de celulares, além de escolher peritos.

Paralelamente, a ADPF criticou o projeto de lei antifacção aprovado pela Câmara, que, em vez de fortalecer a Polícia Federal, retira recursos e não incorpora artigos solicitados pela corporação para aprimorar as investigações, como regras para infiltração e produção de provas. O projeto, relatado por Guilherme Derrite, foca no aumento de penas e financiamento para polícias estaduais, sem aprimorar a capacidade investigativa da PF.