Anthropic usa Claude para mapear estrutura 3D de vault de bacteriófago
A Anthropic, sediada em São Francisco (EUA), usou o Claude para determinar a estrutura 3D de uma partícula vault formada em E. coli a partir de uma proteína de bacteriófago, cuja função segue desconhecida.
Pontos principais
- A equipe de biologia da Anthropic obteve a primeira estrutura 3D de uma partícula vault de origem procariótica, com resolução nominal de 3,2 Å.
- A casca tem 96 cópias da proteína L05, 18 a mais que as 78 da vault humana, e volume interno cerca de 25% maior.
- Com a ajuda de Claude, a purificação caiu de cerca de três dias para 90 minutos, e o primeiro modelo estrutural levou 34 horas.
- Os mapas finais ficaram prontos cerca de uma semana após o início do processamento; a equipe estima que o método tradicional levaria semanas.
- Uma busca computacional sugere que a densidade não identificada em cada cópia da proteína seja coenzima A ou um derivado dela.
- A função das vaults segue desconhecida, e ainda não se sabe se as partículas se formam nas bactérias e fagos de origem.
A equipe de biologia da Anthropic, sediada em São Francisco (EUA), usou o modelo Claude para determinar a estrutura 3D de uma partícula vault de origem procariótica. A proteína que forma a casca, L05, vem de um bacteriófago e foi produzida em E. coli, já que até agora essas partículas só foram obtidas nessa bactéria.
Vaults estão na maioria das células humanas, mas sua função segue desconhecida. A Anthropic diz que Claude escreveu todo o código e conduziu as análises computacionais sob direção dos autores, que assumem a responsabilidade pelo conteúdo. A equipe diz que a supervisão humana segue essencial: um protocolo escrito pelo modelo incluía um aditivo que interferia na captação de DNA e atrasou o projeto em duas semanas. A empresa diz que enviou o preprint ao bioRxiv e que liberará em breve as estruturas e os dados adicionais.
Fontes primárias
Investigating vault particles with Claude
A equipe de biologia da Anthropic relata a primeira estrutura 3D de uma partícula vault de procarioto: uma casca de 96 cópias de uma única proteína (L05, de bacteriófago, expressa em E. coli), com cerca de 9,5 MDa, cerca de 54 × 45 nm (contra 67 × 40 nm nos mamíferos) e cerca de 25% mais volume interno. Sob direção da equipe, Claude buscou em bancos de proteínas, desenhou as construções de DNA, otimizou o isolamento e processou os dados de cryo-EM: a purificação caiu de cerca de três dias para cerca de 90 minutos, e o primeiro modelo estrutural ficou pronto 34 horas depois. A função das vaults segue desconhecida. A equipe diz que liberará as estruturas e dados adicionais em breve e que o preprint foi enviado ao bioRxiv, com o link a ser atualizado quando estiver no ar.
Prokaryotic homologs of the major vault protein form engineerable vault nanocapsules (preprint)
Homólogos procarióticos e de bacteriófagos da major vault protein formam partículas do tipo vault quando expressos em E. coli. A busca em cerca de 15 bilhões de proteínas encontrou homólogos em 29 filos bacterianos e 4 arqueanos, presentes em menos de 1% das espécies com genoma sequenciado. Dos candidatos testados, 7 formaram partículas do tipo vault em microscopia de coloração negativa e 4 foram confirmados por cryo-EM. A estrutura da L05, em 3,2 Å, tem 96 cadeias (48 por metade), volume cerca de 25% maior que o da vault humana e parede de sete repetições, contra nove nas eucarióticas. Cada cópia tem um bolsão com densidade não atribuída; uma busca computacional sugere coenzima A ou um derivado como ligante provável. Adicionar duas repetições à parede aumenta o volume em torno de 20%. Os autores declaram que todo o código e as análises computacionais foram escritos e conduzidos por modelos Claude, sob direção dos autores, que assumem a responsabilidade pelo conteúdo.
Cobertura da mídia
@nc_frey: Vault particles are in most cells in your body and they're still a big mystery. Our biology research team showed that vault proteins from bacteria and their phages assemble into re…
x.com • 4 nov, 20:53
@AnthropicAI: We’re sharing how our biology research team worked with Claude to map the first 3D structure of a vault particle from bacterial life.
x.com • 4 nov, 17:11
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