O Ministério Público junto ao Tribunal de Contas da União (TCU) solicitou uma investigação aprofundada sobre o repasse de emendas parlamentares da saúde para municípios. A representação, protocolada pelo subprocurador-geral Lucas Rocha Furtado, questiona a legalidade e a constitucionalidade da contabilização desses recursos para o cumprimento do piso constitucional de gastos na saúde, além de apontar uma distribuição altamente desigual que pode estar criando um "SUS para aliados".

O volume de emendas destinadas à saúde aumentou significativamente, passando de R$ 2,5 bilhões em 2016 para R$ 21,5 bilhões em 2025, o que corresponde a 17% do orçamento do Ministério da Saúde para as cidades. Essa dependência crescente das prefeituras em relação às emendas para financiar serviços básicos de saúde tem gerado disparidades, com um pequeno grupo de municípios recebendo quantias substanciais, enquanto a maioria recebe valores muito menores.