A indicação de André do Prado (PL) como pré-candidato ao Senado por São Paulo, tendo Eduardo Bolsonaro como primeiro suplente, provocou um racha significativo na base bolsonarista. A decisão, confirmada por Tarcísio de Freitas e Eduardo Bolsonaro, que justificou a escolha pela boa relação de Prado com prefeitos, foi vista por parte da militância como um alinhamento à "velha política" e ao Centrão, especialmente devido aos laços de Prado com Valdemar Costa Neto.

Enquanto parlamentares como Gil Diniz e Mário Frias apoiaram a chapa, influenciadores bolsonaristas como Rodrigo Constantino e Fabio Wajngarten criticaram duramente. Ricardo Salles (Novo) classificou o apoio de Eduardo a Prado como "vergonhoso", apelidando-o de "filhote do Valdemar" e criticando seu histórico de alinhamento com o PT na Assembleia Legislativa de São Paulo (Alesp). Eduardo Bolsonaro concedeu entrevista para explicar a decisão, argumentando que André do Prado somaria à campanha presidencial de Flávio Bolsonaro, citando o apoio a Ricardo Nunes na prefeitura de São Paulo como exemplo de pragmatismo bem-sucedido.