Andrei Rodrigues assumiu a direção-geral da Polícia Federal em um período de intensa polarização política no Brasil, sucedendo a gestões marcadas por questionamentos sobre a independência da instituição. Sua nomeação foi vista como um movimento para restaurar a autonomia e a credibilidade da PF. Desde que assumiu o cargo, Rodrigues tem se destacado por sua atuação em investigações sensíveis, como as que apuram os eventos de 8 de janeiro de 2023 e as ações de indivíduos que buscam desestabilizar o Estado de Direito. Ele tem enfatizado o uso de ferramentas digitais e a análise de grandes volumes de dados como pilares para o sucesso dessas investigações. Em 2025, Rodrigues criticou publicamente o que chamou de "desequilibrados brasileiros" nos Estados Unidos que tentam intimidar investigadores, em resposta a declarações de Eduardo Bolsonaro contra a PF. Ele afirmou que tais ameaças seriam anexadas aos inquéritos em andamento, reforçando a posição da PF de não se deixar intimidar por investigados.